甲基化和磷酸化修饰
LC-MS/MS技术方案

蛋⽩酶Trypsin和Lys C是蛋⽩质组学和⽣物制药研究中最常⽤的蛋⽩酶，可切割K和R的C端。然⽽，并⾮所有蛋⽩都可以使⽤蛋⽩酶Trypsin酶切后进⾏鉴定。特定的磷酸化和甲基化位点也没有很好地表征。因此，需要Trypsin N和Lys N蛋⽩酶来识别携带这些修饰的肽以及 “缺失”的蛋⽩质。Trypsin N同时需要Zn2+和Ca2+参与催化活性。酶切产物产⽣与trypsin酶切产物分⼦量相同⽽K/R位于肽段N端的肽段。酶切肽段的MS2以b-ion为主，因此可以与Trypsin酶切产物形成的以y-ion为主的MS2信号互补且互为验证，

从⽽有利于de novo测序等蛋⽩质组学研究⼯作。尤其重要的是，Trypsin N可以对K/R发⽣甲基化、⼄酰化和磷酸化修饰的残基进⾏酶切。

基于质谱 (MS) 的磷酸化和甲基化蛋⽩质组学是⼀种⽤于⾼通量鉴定磷酸化和甲基化位点的⾼度灵敏的⽅法。已发表⽂献发现Trypsin和镜像蛋⽩酶Trypsin N组合酶切会在MS2中得到更⾼的离⼦覆盖率数据。更⾼的离⼦覆盖率有助于精确定位磷化修饰和甲基化修饰位点。以下的数据展⽰了镜像蛋⽩酶⽤于磷酸化和甲基化修饰蛋⽩组学的独特性